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CS/DS硫酸酯酶是一类可以专一性水解去除CS/DS糖链中特定部位硫酸基团的酶类,是研究CS/DS构效关系的重要工具酶,包括GalNAc-4-O-硫酸酯酶、6-O-硫酸酯酶和GlcUA/IdoUA-2-O-硫酸酯酶等。与糖胺聚糖降解酶类似,糖胺聚糖硫酸酯酶也可以分为两类:内切型糖胺聚糖硫酸酯酶和外切型糖胺聚糖硫酸酯酶。外切型硫酸酯酶只对CS/DS糖链末端的硫酸根有脱去作用,作用于CS/DS经降解酶降解产生的二糖以及低分子量寡糖,主要参与CS/DS的代谢过程;而内切型硫酸酯酶不仅可以作用于糖胺聚糖末端的硫酸根,对内部的硫酸根也有脱去作用,因此可以有效地的作用于多糖,从而对多糖的内部结构进行修饰调节。