品牌货号 英文名称 | 阿拉丁N669954 NuClean Magbead FFPE DNA Kit | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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储存温度 | 室温 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
运输条件 | 常规运输 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
产品介绍 | 产品内容
产品简介 该试剂盒提供了一种简单、快速、高效的从石蜡包埋组织中提取DNA的方法。实验 过程中可采取无毒的脱蜡剂去除石蜡,降低实验过程中对实验者的危害。组织裂解后, DNA结合于硅基包被磁珠表面。漂洗后,高纯度的DNA洗脱于TE或去离子水中。经过 纯化的DNA可以直接用于PCR、 Real-time PCR、 SNP基因分型、STR基因分型、二 代测序和药物基因组学研究等。 DNA的得率、片段大小与样品类型、储存条件及储存时 间有很大关系。 自备试剂: 1. 全自动核酸提取仪 2. 96 DW PLate、 8 channel Comb 3. 3. 无水乙醇、异丙醇 实验前准备及重要注意事项 1. 获得样品后,要尽快将样品在4%-10%的福尔马林中固定,固定时间以14-24小时为 宜,时间过长易导致基因组断裂,影响下游实验。如果甲醛固定时间过长或样本存 放时间过久(>1年)则易导致DNA完整性受损,无法扩出长片段。 2. 确保包埋前的样品彻底脱水,残留的福尔马林会抑制Proteinase K的作用。 3. **次使用前应按试剂瓶标签说明先在Buffer GW1和Buffer GW2中加入无水乙醇。 4. 使用前请检查Buffer GTL、Buffer GL和Buffer DS是否出现结晶或者沉淀,如有结晶 或者沉淀, 请将Buffer GTL、Buffer GL和Buffer DS于56℃水浴重新溶解。 5. 如果下游实验对RNA污染比较敏感,可以在加入Buffer GL前加入2 μL DNase-Free的 RNase A(100 mg/mL),试剂盒中的RNase A如果长时间不用,建议-20℃保存。 6. 实验开始前将水浴锅或恒温混匀仪预热至56℃。 7. Magbeads PN严禁冰冻和高速离心,否则可能会对Magbeads PN造成不可逆的损 害。 Magbeads PN每次使用时请充分振荡混合均匀。 操作步骤 一、石蜡包埋样本: 1. 用手术刀将组织块中多余的石蜡修剪掉,露出组织后切成5-10 µm的薄片。 2. 取约1×1cm²的切片(共约3-8片切片)置于离心管(自备)中,加入160 μL Buffer DS,涡旋震荡10秒,再加入180 μL Buffer GTL和20 μL Proteinase K,涡旋震荡10 秒。 12000 rpm ,25℃ 离心1分钟。 注意:1 ) 如果样品表面已经暴露在空气中,请将接触空气的2-3片弃掉不用。 2)DS低于18℃会凝固,如果凝固不影响下面的实验。 3. 56℃孵育1小时,直至样品完全溶解。 90℃孵育1小时。样品室温静置30秒后25℃、 12000 rpm离心1分钟,用移液器沿管壁小心吸取下层水相(约180μL)于新离心管 中,尽量避免吸入蜡液和管底沉淀。 注意:1)56℃孵育后的样品可置于室温,直至水浴锅或干浴锅温度达到90℃后再把样品置于90℃孵 育。 2)可选步骤:加入7 μL UNG(1 U/μL),50℃,5min ,不震荡。此步骤的目的是降低低频发生的 C>T | G>A转换(人为突变),同时有效保留真实发生的突变,从而使假阳性风险降至最低。 4. 可选步骤,如果少量RNA的存在会对下游实验造成影响,建议向水相中加入2 μL 浓 度为100 mg/mL的RNase A溶液,震荡混匀,室温放置2 min。 5. 加入20 uL Proteinase K ,65℃, 450 rpm孵育15 min ,形成Lysate。 二、福尔马林等固定液中的样本: 1. 取约20mg的样本,切成小块,置于离心管中,加入500 μL 10mM PBS(PH 7.4), 涡旋振荡, 12,000 rpm(~13,400×g)离心1分钟,弃上清,重复3次。 2. 上述管中加入180 μL Buffer GTL , 20 μL Proteinase K,涡旋震荡混匀。 3. 56℃孵育1小时,直至样品完全溶解。 90℃孵育1小时。样品室温静置30秒后25℃、 12000rpm离心1分钟,用移液器沿管壁小心吸取下层水相(约180μL)于新离心管 中,尽量避免吸入蜡液和管底沉淀。 注意:1)56℃孵育后的样品可置于室温,直至水浴锅或干浴锅温度达到90℃后再把样品置于90℃ 孵育。 2)可选步骤:加入7 μL UNG(1U/μL),50℃, 5min ,不震荡。此步骤的目的是 降低低频发生的 C>T | G>A 转换(人为突变),同时有效保留真实发生的突变,从 而使假阳性风险降至最低。 4. 可选步骤,如果少量RNA的存在会对下游实验造成影响,建议向水相中加入2 μL浓 度为100 mg/mL的RNase A溶液,震荡混匀,室温放置2 min。 5. 加入20 uL Proteinase K ,65℃, 450 rpm孵育15 min ,形成Lysate。 手动操作步骤: 1. 向Lysate 中加入200 μL Buffer GL并涡旋震荡混匀。 2. 向离心管中加入300 μL异丙醇与20 μL磁珠后涡旋震荡混匀5秒钟,之后将离心管固 定于25℃、 1600 rpm的恒温混匀仪上震荡结合10分钟。 3. 将离心管固定于磁力架上静置1分钟,之后弃去溶液。 4. 向离心管中加入750 μL Buffer GW1(使用前请检查是否已加入无水乙醇),涡旋震 荡5秒钟后放于25℃、 1600 rpm的恒温混匀仪上震荡结合2分钟。 5. 将离心管固定于磁力架上静置1分钟,之后弃去溶液。 6. 重复步骤4-5。 7. 向离心管中加入750 μL Buffer GW2(使用前请检查是否已加入无水乙醇),涡旋震 荡5秒钟后放于25℃、 1600 rpm的恒温混匀仪上震荡结合2分钟。 8. 将离心管固定于磁力架上静置1分钟,之后弃去溶液。 9. 重复步骤7-8。 10. 离心管短暂离心后,将其重新固定于磁力架上用移液器去除管底溶液,之后开盖室 温放置5-10分钟使乙醇充分挥发。 11. 向离心管中加入50-200 μL Buffer TE后涡旋震荡使磁珠充分悬浮于洗脱液中,之后 将离心管固定于56℃、 1600 rpm的恒温混匀上震荡洗脱10分钟。 12. 将离心管固定于磁力架上静置2分钟,之后将洗脱液转移至新的离心管中-20℃保存 备用。 |
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